Alfaro comenzó su carrera en el equipo juvenil Bayer, de Valle Nuevo, en donde después de ser sustituto pasó a ser titular sustituyendo a Gasparin Hernández.
Misael está entre los primeros 10 porteros goleadores a nivel mundial.
Dentro del top 10.
Él anunció su retiro del fútbol en agosto de 2010 después de sufrir una lesión grave en el cuello. Alfaro hizo su debut con la Selección de fútbol de El Salvador en un abril de 1994 en la Copa Centroamericana en un partido de clasificación contra la Selección de fútbol de Nicaragua.
